时间倒转二十年前，开启恶梦的那年。
「那遥远历史，那血红的天空，那喷火的大地，那沸腾的海水，就是灭世的徵兆啊！」古代遗迹神秘诗人着。
二十年前，旧北极海底下，新欧洲联盟考古专用潜水艇小队，驾驶着「巨鲸号潜艇」正在旧北极海域侦查。
「巨鲸号潜艇」是武装用潜艇，可以切换成陆地行驶模式，并且有短暂漂浮能力，是为了预防忽然落地的安全机制，可以容纳三百人，并且可以收纳两架机神规模的空间，是莫郎尼多拉先生，莫郎莉莉nV士博士夫妻，跟军方透过关系买到的潜艇，然後又重新花费资金改装，一切都是为了探查神秘海域超古代文明遗迹。
为了心中伟大的考古梦想，莫郎尼多拉夫妻已经耗掉人生所有美好岁月和金钱，甚至负债累累。
虽然自从新人类时代开启宇宙时代，海底的挖掘和研究就被冷落了，但事实上还是有值得研究和挖掘的价值。
根据地球科学家的研究，地球约有四十六亿年到五十亿年的生命。
「宇宙纪年前五十年」，地球生命说，曾经是一门非常热门的研究话题，尤其是因为南北极溶化之後，地球产生可怕的温室效应，除了冰河时代的降临，
更有许多可怕的天灾异变，虽然人类早有预防，但还是冰河时代的浩劫，造成地球约三分之二的生命消失，历史称为「末世录的降临！」
在那个时期，人类耗尽所有国家资源，打造十艘「方舟级宇宙殖民战舰」，十艘「方舟级超级潜水战舰」，分为宇宙和地球两种避难路线，这是为了避免人类不要把宝押在同一篮子心态。
每艘方舟战舰级可以容纳三万人，里面拥有可以自给自足生态环境。
所谓大灾难之後，必有大革新的新时代，重生的地球，原本埋藏於地球深处的超古代文明一一浮现，这些超古代文明，再旧人类的历史曾经出现过数度，
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